La pandémie de Covid-19 est une pandémie d’une maladie infectieuse émergente, appelée la maladie à coronavirus 2019 ou Covid-19, provoquée par le coronavirus SARS-CoV-2. Elle apparaît le 16 novembre 2019 à Wuhan, dans la province de Hubei (en Chine centrale), avant de se propager dans le monde.

L’Organisation mondiale de la santé (OMS) alerte dans un premier temps la République populaire de Chine et ses autres États membres, puis prononce l’état d’urgence de santé publique de portée internationale le 30 janvier 2020.

Le 11 mars 2020, l’épidémie de Covid-19 est déclarée pandémie par l’OMS qui demande des mesures de protection essentielles pour prévenir la saturation des services de soins intensifs et pour renforcer l’hygiène préventive (suppression des contacts physiques, bises et poignées de mains, fin des attroupements ainsi que des déplacements et voyages non indispensables, promotion du lavage des mains, mise en application de quarantaine, etc.). Pour freiner la formation de nouveaux foyers de contagion et préserver les capacités d’accueil de leurs hôpitaux, de nombreux pays décident des mesures de confinement, la fermeture de leurs frontières et l’annulation des manifestations sportives et culturelles. Ces décisions ont des conséquences économiques, sociales et  environnementales et font peser des incertitudes et des craintes sur l’économie mondiale et sur l’éducation, la santé et les droits fondamentaux des populations.

Selon des études phylogénétiques publiées entre février et mai 2020, la maladie apparaît entre octobre et décembre 20199, et plus précisément à la fin du mois de novembre. Cependant, dans une étude publiée en juin 2020, des chercheurs de l’Université de Barcelone annoncent avoir trouvé la présence de ce virus dans des échantillons congelés des eaux usées de Barcelone, prélevés le 12 mars 2019.

Selon les informations connues en février 2020, le premier patient diagnostiqué (estimé a cette époque comme le patient zéro) est identifié le 1er décembre 2019 à Wuhan dans la province du Hubei, en Chine centrale.

Le 16 décembre 2019 est repérée la première hospitalisation.

L’Organisation mondiale de la santé (OMS) alerte dans un premier temps la République populaire de Chine et ses autres États membres, puis prononce l’état d’urgence de santé publique de portée internationale le 30 janvier, alors que 10 000 contaminations et 213 décès ont été enregistrés en Chine. L’OMS n’avait depuis sa création, le 7 avril 1948, déclaré que cinq fois l’urgence internationale.

Le 13 janvier 2020, un premier cas est découvert hors de Chine continentale. Deux navires de croisière (le MS Westerdam et le Diamond Princess) sont aussi touchés. Le nombre total de malades hors de la Chine dépasse les 1 500 à la mi-février.

À partir de janvier 2020, le gouvernement chinois met en œuvre des procédures de confinement, et place plusieurs villes puis toute une région en quarantaine, fermant de nombreux sites publics et déployant des moyens sanitaires.

La maladie se répand hors de Chine dès janvier, et le 25 février 2020 le nombre de nouveaux cas déclarés quotidiennement hors de Chine est plus élevé que dans le pays.

Le 11 mars 2020, l’épidémie de Covid-19 est déclarée pandémie5,6 par l’OMS, qui demande des mesures de protection essentielles pour prévenir la saturation des services de soins intensifs et renforcer l’hygiène préventive (suppression des contacts physiques, bises et poignées de mains, fin des attroupements et des grandes manifestations ainsi que des déplacements et voyages non indispensables, promotion du lavage des mains, mise en application de quarantaine, etc.). Cette pandémie mondiale provoque des annulations en série de manifestations sportives et culturelles sur toute la planète, la mise en place par de nombreux pays de mesures de confinement pour freiner la formation de nouveaux foyers de contagion, la fermeture des frontières de nombreux pays, et un krach boursier du fait des incertitudes et des craintes qu’elle fait peser sur l’économie mondiale.

L’Institute for Health Metrics and Evaluation estime que le dix-millionième décès dû à la Covid-19 s’est produit le 25 mai 2021.

La situation épidémiologique évolue constamment, mais les données sur le virus et la Covid-1922 ont rapidement été partagées par les chercheurs. La séquence du génome est publiée dès le 5 janvier, moins d’une semaine après identification du virus. La première prépublication d’une hypothèse de transmission apparaît dès le 19 janvier.

Diverses revues et éditeurs scientifiques (ex. : The Lancet, qui a créé un hub dédié, Nature, Elsevier, etc.) ont mis à disposition des chercheurs et médecins, voire du grand public, leurs ressources (articles de revues ; manuels scientifiques et médicaux, les produits éducatifs…) ; Elsevier a créé à partir des données de Scopus une carte mondiale interactive d’experts ; et il autorise désormais l’exploration (en texte intégral) de ses données qui croissent exponentiellement depuis la fin 2019, dont via PubMed Central des NIH et la base de données OMS, « gratuitement, et sans limitations de copyright ». Elsevier et The Lancet ont signé la déclaration du Wellcome Trust, sur le partage, ouvert et rapide, des données et résultats de recherche sur la pandémie, afin d’aider à la riposte de santé publique et à sauver des vies.

L’urgence sanitaire fait cependant que les découvertes et mises à jour médico-scientifiques sont publiées avec une relecture par les pairs plus rapide et moins méticuleuse que d’ordinaire, et parfois en prépublication avant revue par les pairs ; la qualité des données primaires et des sources secondaires doit dès lors être interprétée avec prudence. En outre des lacunes de données sont dues au fait que les pays n’ont pas la même approche en termes de dépistage ou de transparence, pour des raisons financières, techniques et/ou de politique. S’y ajoute la qualité du système de veille sanitaire et de remontée de l’information. Le dépistage peut viser à être systématique (par exemple en Corée du Sud), être ciblé uniquement sur des porteurs du virus présentant des symptômes, ou ne viser que les cas les plus graves (par exemple en France).

Le dépistage, quand il existe (certains pays, dont la France ont manqué de tests durant des mois), ne se fait pas au même rythme partout. Il a été compliqué par le fait que la pandémie s’est propagée dans l’hémisphère nord en hiver, au moment où circulent d’autres virus respiratoires (virus grippaux notamment, qui produisent les mêmes symptômes initiaux, hormis l’hyposmie et l’hypogeusie caractéristique fréquente de la Covid-19) ; de plus il existe un décalage entre cas confirmés et cas réels. Les données sur la létalité (taux de décès parmi les personnes touchées) n’étaient pas fiables de par le faible nombre de personnes testées, rendant la comparaison entre pays peu significative ; de même en ce qui concerne le nombre de morts imputés à la maladie dont les critères de recensement ne sont pas homogènes entre pays. Néanmoins, le taux de mortalité en fin de pandémie, sera significatif des politiques de santé publique menées dans chaque pays. La gestion de la transmission asymptomatique est le « talon d’Achille » de la lutte contre la pandémie ; et là où il n’y a pas une stricte distanciation physique, le dépistage des cas symptomatiques est nécessaire mais il est insuffisant car n’empêchant pas la diffusion du virus dans les endroits de vie collective (foyers, prisons, établissements de santé mentale fermés, refuges pour sans-abri et hôpitaux), surtout si l’on veut relâcher la distanciation physique.

De mi-janvier à mi-mars 2020, des indices ont laissé penser que la Covid-19 pourrait être atténuée quand il fait plus chaud, et qu’une hausse de température moyenne pourrait atténuer sa contagiosité. Si cela était confirmé, une saisonnalité de la pandémie pourrait alléger la pression sur les services d’urgence à la belle saison dans l’hémisphère nord, et laisser un peu de temps à l’hémisphère sud pour se préparer et tirer parti des leçons apprises au nord. C’est l’hypothèse posée par deux chercheurs des universités de Californie et de Chicago dans un article (non relu par des pairs). Ils ont rétrospectivement tenté d’isoler pour les deux mois d’explosion du nombre de cas en début de la pandémie le rôle de trois facteurs météorologiques (température, humidité, pluviométrie) de facteurs de confusion tels que l’amélioration de la réponse à la pandémie ou du degré et les hétérogénéités de promiscuité associé aux densités de population. Au 26 mars, leur analyse statistique basée sur l’étude rétrospective de 166 686 cas confirmés de Covid-19, dans 134 pays, échelonnés du 22 janvier 2020 au 15 mars 2020 concluait que :

• ni l’hygrométrie, ni les précipitations n’influencent la contagiosité de la Covid-1933 ;
• pour chaque degré Celsius de température moyenne gagné (durant deux mois environ), la transmission de la COVID a semblé se réduire de 13 % en moyenne (entre −21 % et −4 %, IC 95 %).

Cette hypothèse est à confirmer, car en mars-avril, l’Italie et l’Espagne (deux régions chaudes de l’Europe) ont été particulièrement sévèrement touchées. De plus d’autres facteurs de confusion existent, dont la pollution de l’air qui, par exemple selon plusieurs études, a aggravé la situation en Italie.

Cette pollution est source de maladies respiratoires et cardiovasculaires, deux facteurs de risques de mortalité prématurée en général, et notamment en cas de SRAS et COVID-1935.

Dès 2003 des chercheurs avaient noté que les symptômes du SRAS étaient aggravés là où l’air était pollué. Ainsi dans les zones modérément polluées de Chine, le risque de mort par SRAS était plus de 80 % plus élevé que dans les zones où l’air était relativement propre ; passant à 100 % en zone très polluée36 ; de même pour la COVID-1937.

Dès le début de l’épidémie chinoise de COVID-19, puis dans plusieurs régions du monde lors de la pandémie, la pollution de l’air semble aggraver le risque de mortalité par COVID-1938. En Chine, l’incidence de la COVID-19 s’est avérée significativement augmentée par les PM2,5 tandis qu’une corrélation entre les PM2,5 ambiantes et le taux de mortalité a également été établie.

En mars 2020, selon une étude allemande, la pollution particulaire aide à transporter le SARS-CoV-2, tout en augmentant la vulnérabilité des malades, et aggravant leurs symptômes.

Puis une autre étude, combinant les données épidémiologiques américaines et chinoises sur la pollution de l’air, la Covid-19 et le SARS de 2003, aux données italiennes et aux données satellitaires sur les particules fines polluantes (PM2,5), la météo et les données de pollution atmosphérique mesurée au sol a conclu que 15 % environ des morts par Covid-19 sont liés à une pollution chronique de l’air : 19 % en Europe, 17 % en Amérique du Nord et 27 % en Asie de l’Est ; 29 % des morts en République tchèque, 27 % en Chine, 26 % en Allemagne, 22 % en Suisse, 21 % en Belgique, 19 % aux Pays-Bas, 18 % en France, 15 % en Italie, 14 % au Royaume-Uni, 12 % au Brésil, 11 % au Portugal, 9 % en Espagne, 6 % en Israël, 3 % en Australie et seulement 1 % en Nouvelle-Zélande seraient dus à ce phénomène41. « À échelle mondiale, 50 à 60 % de la fraction anthropique attribuable (de cette surmortalité) est liée à l’utilisation de combustibles fossiles, jusqu’à 70 à 80 % en Europe, en Asie occidentale et en Amérique du Nord »41. Toutes les études faites entre 2003 et 2020 sur ce sujet montrent une corrélation entre la pollution de l’air et la mortalité (pour le SRAS puis pour la COVID).

La pandémie est due à un coronavirus (le SARS-CoV-2), un type de virus enveloppé de symétrie sphérique et couvert de spicules (constituées de diverses protéines) lui donnant l’apparence d’une couronne (cette couronne se réfère à une représentation commune du virus en deux dimensions ; en termes mathématiques et en trois dimensions, ces protubérances s’inscrivent dans ce qui s’apparente à une couronne solide). Une seule souche avec de nombreux variants serait en circulation actuellement63.

La séquence génétique de ce coronavirus est similaire à 80 % à celle du coronavirus du SRAS. Il est d’abord désigné provisoirement par l’OMS et les CDC sous le terme anglais 2019 novel coronavirusa, ou 2019-nCoV, avant d’être nommé SARS-CoV-2 sur recommandation de l’ICTV.Il appartient au sous-genre Sarbecovirus. Son génome, stable et constitué d’un ARN simple-brin à polarité positive de 29 903 nucléotides, a été séquencé pour la première fois le 5 janvier par une équipe de l’Université Fudan de Shanghai (Chine).

Elle serait dans l’air, selon son support, de 24 à 72 heures. Les matières plastiques favorisent sa durée de vie. Sous une température inférieure à 20 °C, il persiste plus longtemps. Au-dessus de 30 °C, sa durée de vie diminue fortement.

Depuis le début de la pandémie, de nombreuses mutations ont été  identifiées. Les variants les plus problématiques (selon plusieurs critères, dont la transmissibilité et la virulence) ont été classifiés comme « préoccupants » et se sont vus attribuer une lettre de l’alphabet grec, comme les variants Alpha, Bêta, Gamma, Delta et Omicron ; le premier était 50 % à 75 % plus contagieux que la souche initiale et les autres également, et ils renfermaient différentes mutations dont la E484K, qui ont pour certaines réduit l’efficacité des vaccins utilisés à l’époque de leur émergence.

La fièvre peut apparaître plusieurs jours après la toux. De nombreuses personnes porteuses du virus ne présentent pas de symptômes, ou présentent des symptômes légers (petite toux, fièvre) sans détresse respiratoire.

Une anosmie avec ou sans perte du goût (complète ou non) peut survenir, notamment chez les plus jeunes, ce qui est l’un des indices d’une capacité neuro-invasive du virus. En février 2020, une étude chinoise a estimé que 5 % des malades manifestaient des troubles du goût et de l’odorat, mais ce travail aurait sous-estimé la prévalence réelle de ces symptômes. Une autre étude a été menée en France en mars 2020. Selon les auteurs, 24 % des patients rapportaient avoir eu une hypogueusie, 20 % une hyposmie et 17 % une hypogueusie et une hyposmie combinées.Des symptômes peuvent persister au-delà de quatre semaines, dans de rares cas qu’on appelle Covid long.

En France, le ministre de la santé recommande, en cas de fièvre, de ne pas prendre de médicaments anti-inflammatoires non stéroïdiens comme l’ibuprofène (Advil, Nurofen, etc.) ou l’aspirine qui pourraient être un facteur d’aggravation de l’infection. Le traitement de la fièvre ou de douleurs chez les patients atteints de Covid-19 ou de toute autre virose respiratoire repose sur le paracétamol, sans dépasser la dose de 60 mg/kg/jour et de 3 g/jour. Cependant, il n’existe pas de littérature scientifique sur le sujet, et ni les spécialistes des maladies infectieuses ni l’OMS ne mettent en garde contre la prise d’anti-inflammatoires non stéroïdiens.En revanche, les patients soignés par anti-inflammatoires, comme les corticoïdes ou autres immunosuppresseurs, pour une pathologie chronique ne doivent pas interrompre leur traitement sans prescription médicale.

En février 2020, le gouvernement de Shanghai en Chine a recommandé l’injection de doses massives de vitamine C (on avait constaté une augmentation spectaculaire du nombre des publications scientifiques relatives à l’utilisation de la vitamine C chez les patients gravement malades à partir de 2018). En France, une deuxième vague d’essais cliniques avec la chloroquine démarre le 22 mars 2020. Elle fait suite à la conférence du Pr Didier Raoult du 16 mars, sur les résultats d’une première étude menée sur 24 patients, elle-même en écho d’études menées en Chine. Le jeudi 26 mars 2020 en France, par dérogation à l’article L. 5121-8 du code de la santé publique, l’hydroxychloroquine et l’association lopinavir/ritonavir peuvent être prescrits, dispensés et administrés dans les établissements de santé.

« Au 21 avril 2020, plus de 500 essais cliniques avaient été enregistrés dans les différents sites de registre d’essais cliniques internationaux et nationaux ».

Le 22 mai, The Lancet publie une étude internationale dirigée par Mandeep Mehra, rétrospective sur 96 000 dossiers de patients hospitalisés, non aléatoire, tendant à mettre en évidence les risques cardiaques de l’hydroxychloroquine. Le groupe sous hydroxychloroquine, le groupe sous hydroxychloroquine avec un macrolide, le groupe sous chloroquine, et le groupe sous chloroquine avec un macrolide étaient chacun indépendamment associés à un risque accru de mortalité à l’hôpital par rapport au groupe témoin n’ayant pas reçu ces molécules. De plus, ces groupes étaient indépendamment associés à un risque accru d’arythmie ventriculaire de novo pendant l’hospitalisation. L’étude de Mandeep Mehra, contestée par la communauté scientifique, a en définitive été retirée par The Lancet.Selon une étude publiée dans le journal américain Aging, les chercheurs des cliniques universitaires Saint-Luc et de l’UCLouvain ont constaté que les télomères courts favorisent la Covid-19 sévère.

Évoquant l’avis des spécialistes, la chancelière allemande Angela Merkel rapporte le 11 mars que 60 à 70 % des Allemands pourraient être infectés. Il semble qu’elle se base sur la déclaration de l’épidémiologiste Marc Lipsitch qui donnait le chiffre de 40 à 70 % de la population mondiale quelques jours plus tôt.Le ministre de l’Éducation en France, Jean-Michel Blanquer, déclare le 15 mars que selon « ce que disent les scientifiques, 50 à 70 % de la population in fine finit par être contaminée par le virus, et c’est d’ailleurs ça qui met fin au virus puisque ça crée une forme d’immunité majoritaire, et donc le virus s’éteint de lui-même ».

Source : Wikipédia.