Environ 99 à 100 % de la population de l’Union des Comores est musulmane, essentiellement sunnite de rite chafiite.
Une légende locale affirme que l’islam fut apporté dans les Comores du temps de la vie de Mahomet, par deux nobles Comoriens qui visitaient La Mecque : Fey Bedia Mwamba et Mtswa Mawandze. Les études historiques suggèrent que l’islam est arrivé aux Comores par des marchands arabes et par des princes sunnites Perses qui s’exilèrent aux Comores au IXe siècle. À partir de cette époque, les Comores ont été surnommées en Occident les « îles des sultans batailleurs ».
Au XVIe siècle le chef originaire du Chiraz Hassan ibn Issa, qui affirmait être un descendant de Mahomet, appela les Comoriens à se convertir à l’islam. Il fit aussi construire beaucoup de mosquées. Plus tard, au XIXe siècle, le cheikh Abdallah Darwesh introduisit la confrérie chadhiliyya aux Comores. Né dans la grande Comore, il avait voyagé au Moyen-Orient, et fut un artisan majeur du développement de cette confrérie soufie. Le cheikh Al-Ami ibn Ali al-Mazruwi, décédé en 1949, fut le premier ouléma des Comores. Il traduisit en swahili des livres importants de l’islam.